Neprofitne organizacije koje obavljaju gospodarsku djelatnost i koje su obveznici poreza na dobit smatraju se i obveznicima fiskalizacije. Svi obveznici fiskalizacije za potrebe fiskalizacije moraju prilagoditi sadržaj i numeriranje broja računa koje izdaju kupcima, te donijeti interni akt o poslovnicama i pravilima numeriranja kao i istaknuti naljepnicu o obvezi izdavanja i uzimanja računa.
Zakonski je propisan izgled računa koji izdajemo. Račun treba sadržati OIB pravne osobe, datum i vrijeme izdavanja računa, oznaku pravne osobe koja izdaje račun, oznaku načina plaćanja, jedinstveni identifikator računa (JIR) i na kraju zaštitni kod izdavatelja računa.
Odluka o numeriranju računa znači da u internom aktu neprofitne organizacije moraju navesti po kojem načelu će vršiti i kako će izgledati ispis broja računa (primjerice: 1/1/1 ili 1/1/2020).
Također, neprofitna organizacija je dužna odrediti radno vrijeme poslovnice te se računi ne smiju izdavati izvan prijavljenog radnog vremena.
Obveznik fiskalizacije računa dužan je od FINE nabaviti digitalni certifikat koji se koristi za elektroničko potpisivanje računa i za identifikaciju obveznika fiskalizacije.
One neprofitne organizacije koje račune naplaćuju u gotovini (primjerice na štandovima na sajmovima) još su u obvezi i nabavke fiskalne blagajne te izdavanja računa preko fiskalne blagajne.
S obzirom da neprofitne organizacije često prodaju svoje proizvode na sajmovima ili povremenim događanjima pa im fiskalne blagajne ne trebaju tijekom cijele godine, postoji mogućnost povoljnog iznajmljivanja malih pokretnih fiskalnih blagajni.
Svi obveznici fiskalizacije pa tako i neprofitne organizacija koje naplaćuju svoje proizvode, rad i/ili usluge u gotovini na malo, izvan prodavaonica prema zakonu, dužni su izdati fiskalni račun bez obzira na način kojim kupac obavlja kupovinu.
Propisane kazne za one koji se ovog ne pridržavaju su od 30.000,00 kn do 500.000,00 kuna za organizaciju a kazne za odgovorne osobe u organizaciji su od 5.000,00 do 50.000,00 kuna.
