Zakon o financijskom poslovanju i računovodstvu neprofitnih organizacija u Članku 16., stavak 4. propisuje rokove čuvanja financijske dokumentacije i financijskih izvještaja. Neke rokove propisuje i Opći porezni zakon i u slučaju da je u njemu rok za čuvanje dokumentacije duži, uzima se u obzir navedeni duži rok čuvanja dokumentacije.
Rokovi čuvanja dokumentacije za neprofitne organizacije su sljedeći:
- TRAJNO: obračun plaće (isplatne liste), analitička evidencija o plaćama, bilanca, račun prihoda i rashoda i bilješke uz financijske izvještaje, za udruge koje vode jednostavno knjigovodstvo – godišnji financijski izvještaj primitaka i izdataka
- NAJMANJE 11 GODINA: glavna knjiga, dnevnik, isprave na temelju kojih su podaci uneseni u dnevnik, glavnu knjigu ili knjigu primitaka i izdataka (npr ulazni računi), knjiga blagajne tj blagajnički dnevnik, isplatnice i uplatnice
- NAJMANJE 7 GODINA: pomoćne knjige, popis dugotrajne imovine, financijski upitnik, dokumenti na osnovu kojih su podaci uneseni u pomoćne knjige (npr. Otpremnice), a za udruge koje vode jednostavno knjigovodstvo knjiga ulaznih računa te knjiga izlaznih računa
Dodatna obveza za sve neprofitne organizacije je čuvanje projektne dokumentacije sukladno zahtjevima donatora, odnosno ugovornih tijela na osnovu potpisanih ugovora ili sporazuma za svaki odobreni projekt.
Rokovi za čuvanje poslovne i financijske dokumentacije započinju sa zadnjim danom određene poslovne godine – 31.12.